Ein weiterer wichtiger Aspekt in Sachen Langlebigkeit von Smartphones in den Händen der Nutzer ist die Software: Ohne Updates auf neue Betriebssystemversionen gelten Handys schnell als veraltet und werden deshalb von vielen Nutzern gegen neue Geräte getauscht, obwohl sie noch voll funktionstüchtig sind. Anders als beim ersten Fairphone mit Mediatek-Chipsatz, für das es bislang kein Update auf Android Kitkat oder Lollipop gibt, setzt der Hersteller beim Fairphone 2 auf den Qualcomm-Chip Snapdragon 801 und bezeichnet ein Update auf Android M als "wahrscheinlich" - auch wenn er dafür noch keine Garantie geben möchte. Ab Werk ist Android 5.1 Lollipop mit den gängigen Google-Anwendungen auf dem Gerät installiert.

Android als etabliertes und weit verbreitetes Smartphone ist zunächst Trägerplattform für Fairphone. Bald könnte das fairer produzierte Smartphone auch mit anderen Betriebssystemen wie Ubuntu Touch von Canonical oder Sailfish OS von Jolla laufen. Ziel von Fairphone ist es, dass Kunden in Zukunft schon vor dem Smartphone-Kauf die Wahl haben, welches Betriebssystem auf dem Fairphone läuft.